【直播预告】使用Nanopore技术从头组装药用植物地黄基因组
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中国拥有丰富的药用植物资源,对药用植物的使用、栽培历史悠久,测序行业的不断发展推动药用植物的研究,加速了传统的研究方法向微观分子水平的转变。由AG代理基因主导,多家单位共同参与的千种药用植物基因组数据库于2021年6月正式上线:www.herbgenome.com,目前已收录100+种药用植物基因组数据。
继9月9日湖北中医药大学研究员、博士生导师刘义飞老师的“"和9月16日深圳中国科学院仙湖植物园万涛研究员的“”之后,9月23日,我们邀请到武汉AG代理科技有限公司项目总监牛妍博士,带来“使用Nanopore技术从头组装药用植物地黄基因组”的在线技术讲座。
日程
15:00-15:15
欢迎与纳米孔测序技术介绍
王小薇
Oxford Nanopore大客户经理
15:15-15:55
使用Nanopore技术从头组装药用植物地黄基因组
牛妍博士
武汉AG代理科技有限公司项目总监
15:55-16:00
在线答疑
主讲人介绍
牛妍博士
武汉AG代理科技有限公司项目总监
从事生物信息多年,拥有丰富的项目分析经验,擅长基因组分析、转录组分析、细胞器基因组分析等,参与了上百个动植物基因组分析,发表SCI文章多篇,累计影响因子超过30分。
演讲摘要
地黄(Rehmannia glutinosa)是列当科地黄属重要的药用植物,其根部富含以环烯醚萜为主的生物活性成分,具有清热生津,补血滋阴的功效。2021年7月,河南中医药大学与AG代理基因合作,以“De novo genome assembly of the potent medicinal plant Rehmannia glutinosa using nanopore technology”为题,在国际知名期刊Computational and Structural Biotechnology Journal上发表了地黄高质量染色体级别基因组。该研究通过对ONT长读长测序,结合Illumina和HiC测序,获得基因组大小为2.49Gb的染色体级别高质量同源四倍体地黄基因组,对地黄基因组中重复序列进行分析,发现重复序列比例为67%,其中LTR,尤其是Copia元件发生显著扩张,此外,全基因组复制分析显示,地黄在364万年前发生了一次独立的全基因组复制事件。通过基因家族分析研究发现,UDP-dependent glycosyltransferases 和 terpene synthase 基因家族的扩张促进了地黄萜类物质的生物合成及其多样性的发生。总之,地黄基因组为地黄药理研究提供了重要基础,将促进重要药理化合物的开发和应用。
王小薇
大客户经理(Oxford Nanopore Technologies)
厦门大学生物系本科,硕士,上海交大安泰MBA,10年分子生物学和高通量测序领域从业经验。先后就职于华大基因,德国QIAGEN等行业知名企业的研发,技术支持和市场部门。