近日，为了实现长读长reads组装的自动化，加利福尼亚大学Anton Bankevich教授团队研究开发了一种基于Bloom filter（布隆过滤器）, sparse de Bruijn graphs 和disjointig 组装的快速算法—— La Jolla Assembler (LJA)算法。它包括三个模块，解决了长读长reads组装的三个挑战: jumboDBG(构造大型de Bruij图)，mowerDBG(错误校正) 和multiexdbg(使用整个读取长度来解析重复)。

作者通过近期发表的人类T2T基因组的长读长reads进行自动化组装来展示LJA的效果，结果显示LJA生成了最连续的组装结果，其中包括6条没有任何装配错误的人类基因组的完整染色体，而整个人类基因组组装中仅存在10个装配错误，与hifiasm和HiCanu相比，组装错误的数量减少了5倍。

下一步，研发团队将进行nanoLJA 工具的研发，结合HiFi 和Oxford Nanopore reads 来改进基因组组装的连续性。

JumboDBg pipeline

LJA pipeline

LJA组装与hifiasm和HiCanu的T2T基因组组装比较