讲师：余珂老师

单位：北京大学深圳研究生院 

报告题目：BASALT高精度分箱技术的构建及应用技巧

1. 请问余老师，binning后得到的高质量MAG直接就是菌的完成图了？还是说基于高质量的MAG单独再做组装，更容易得到菌的完成图？

答：不一定可以得到菌的完成图，难度很大，加大数据量会有帮助；基于高质量的MAG单独再做组装，对得到的基因组质量有帮助。

2. 老师三代组装hifiasm-meta和metaflye对比怎样呢？

答：目前很感兴趣，目前还没测试。

3. 请问余老师，为获取高覆盖度，不同处理的样本是单样本测序最后混合测序数据，还是把样本混合在一起进行测序呢？

答：建议不同处理的样本是单样本测序最后混合测序数据，可以拿到不同的覆盖深度信息。

4. 组装方式中，单基因组组装再合在一起binning （vamb）和混合数据直接组装进行binning 结果相差大吗？ 

答：vamb单基因组组装会比混合更好，Vamb没有考虑去冗余环节。

5. 多样品需要的内存大吗？

答：分箱需要的内存相对还好，主要是组装需要的内存大，尤其是二代数据。

6. 老师，得到的MAGs样品定量的话，目前有什么比较好的方法吗？

答：丰度的计算可以基于mapping计算标准化的丰度，但很多序列无法mapping到基因组上，且通常占比50-70%，大量数据无法被利用导致结果中丰度的真实性。可在导论丰度的同时说明整体数据的比对率；可尝试加入内标的研发；可参考张彤老师在water reaserch中发表的对宏基因组定量的文章。

7. 老师，使用BASALT这个软件，可以组装出高质量bin的低丰度物种，丰度最低的大概是多少呢。目前的实测样本除了盐湖，还有做其他环境样本的分析吗？

答：基于大数据量测序结果分析，丰度最低可是万分之六，真正决定因素是覆盖深度，低于7X的基因组很难被组装出来。