讲师：薛佳宇教授

单位：南京农业大学

报告题目：三白草的传粉适应性与木兰类草本植物形成机制探索

1.老师您好，我看您在判断胡椒目多倍化事件的时候，用到了很多文章都会用的KS分析和共线性鉴定以及进化关系，请问如果想研究物种的多倍化事件，都可以用这些方法判断出来吗？

目前研究多倍化主要有两种策略，一种是借助共线性，然后算共线性上的anchor pair，也就是算具有共线性的基因的KS，这种策略相对来说由于有共线性的支持，所以被认为是一种更加准确的证据；另一种方法并不一定有共线性的证据，但是涉及到的基因会更多，所以会得到更多的基因支持；当然，如果能得到这两种方法共同的支持，会更容易被认可。

2. 请问老师，基因组busco评价，最低能接受的值多少？90%能接受吗？如果较低的话，有什么方法可以提高busco评价值？谢谢。

目前来讲并没有规定BUSCO必须高于某个值才是可以接受的，早期的测序由于测序方法的限制（比如二代甚至最初的三代或者HIC挂载并不好）可能BUSCO都会比较低，比如70-80%都是存在的，所以90%应该是可以接受的；另外，如果较低的话，需要先判断较低的原因，通常来讲，整个被子植物的范围内、按照当前的测序水平，90%基本上没有问题；而且，相对于注释来说，一般busco较低是组装造成的，如果组装没问题，BUSCO值自然就提升上去了，当前95%以上都是非常常见的。

3. 老师您好，请问您分析多倍化为啥只做与黑胡椒的呢？而不做与其它物种，比如基部物种或其它同源物种等。

我不是很清楚这里的基部物种是指被子植物的基部物种还是木兰类的基部物种，当然，木兰类也不好说具体哪个是基部物种；包括其他同源物种是指什么我也不是很明白。

这项工作的开展是在20年左右，当时只有一个黑胡椒是可用的，后来马兜铃才出来，但是我们也看了下马兜铃，但是发现其没有全基因组复制，所以也没有意义；包括被子植物的基部物种对三白草研究来说并没有意义；当然，如果你想探讨被子植物基部物种的全基因组复制的话是可以加进去的；但是我们主要是探讨木兰类或者胡椒目的话，这些物种加进去是没有意义的。总的来说，用什么物种是需要看你要解决什么问题以及你的目标类群是什么，并不是越多越好或者是越全越好。比如要研究某个科的物种的话，只需要找科内的或者科外的找近缘的1-2个物种作为参照外类群就可以了，并不需要跑到很远的其他的物种去做参照。

4. 请问木质素合成限速酶在不同器官间表达差异不明显的原因是什么？有做过遗传学证据吗？

目前我们没有证据，但是确实发现了这么一个现象，对于草本木本来说，这可能是一个很有意义的事情，所以这可能也是我们接下来需要努力的方向。我们有一些简单的猜想：是有关一年生和多年生植物的，也就是说在植物生长的过程中，短期之内木质素的合成和积累是不够的，不足以产生木质化的条件；但是也许过了个冬或者时间更长了之后变成二年生三年生之后，这些木质素的积累有可能支撑它内部形成更稳定的微观结构，这样的话就有可能形成木本。

5. 老师，我了解到PacBio测序准确度好像比Nanopore更高一些，但是也更贵，现在组装都建议用PacBio吗？老师可以给个建议吗？

这个需要根据你的研究和科研经费综合考量。如果你不需要考虑杂合度的话，我认为Nanopore就够了，或者杂合度很低的话，用Nanopore加上illumina就可以了。此外，PacBio目前比较流行的是HIFI这个测序模式，如果你想解析单倍型的话，可用选择用PacBio的HIFI。

6. 现在装T2T基因组，有啥测序策略呢？

公司现在建议的好像都是ONT超长和高精度的HIFI来进行组装。

7. 老师您好，刚刚讲的用流式细胞术确定基因组大小时，为什么做了两组，而且一组用水稻对比，另一组用烟草对比呢？

这个很简单，我们就是想测得更准一些。做流式细胞的时候往往是选择近缘种会比较好。但是我们不管选水稻还是选烟草，一个是单子叶植物，一个是真双子叶植物；与木兰类的亲缘关系都隔得很远，所以我们只能是两种都用，最后综合评估一下，这样可能对我们的结果来说更加客观一些。

8. 老师您好，三白草科的趋同进化中提到一个有绿色苞片的物种，有没有考虑过做下类似的工作来和白色叶片对比呢？

我们在考虑这个，很有可能要做这个工作。

9. 老师您好，三白草花期叶变白与植物传粉的演化只是一个假说是嘛？另外您提到的趋同演化您的工作中是咋分析呀？谢谢~

这个确实是我们提出的一个假说，但也得到了不少的证据支持，将来如果说我们能得到更直接的证据，比如我们把三白草的叶片通过分子生物学实验变白了，然后放在田间，看看这些传粉昆虫是否还会过来，这样就能最终证明我们这个假说是否成立。关于趋同演化，我们可以看到，这些三白草科不同的物种、不同的器官都变白了，那就是说这是每个物种各自独立变化的现象，而且最终产生的效果都是一样的（吸引昆虫），所以说不是祖先的原因。如果说这种现象是三白草科每个物种都有的现象，那么就是来自祖先的现象，自然也就不叫趋同演化了。

10. 老师您好，白色叶片中下调表达的基因有没有考虑过转基因验证呢？

这些应该不是很必要，因为这些叶绿素代谢通路上的基因在模式植物里面都是研究的比较透彻的基因且明确了相应的功能了，所以说就没必要再做了。