1. 一作解读| Nanopore宏基因组+转录组助力国际免疫学顶刊文章发表，研究揭示恶性肿瘤诱导机体死亡的机制！

文章标题：Renal NF-kB activation impairs uric acid homeostasis to promote tumor-associated mortality independent of wasting

发表期刊：Immunity

发表时间：2022.8.26

影响因子：43.474

研究内容：研究结合Nanopore宏基因组、转录组以及果蝇遗传学揭示了环境微生物、肠道细菌、肾脏IMD-NF-κB免疫反应和尿酸代谢导致恶性肿瘤诱导机体死亡的调控机制，为深入理解肿瘤-宿主互作、实现荷瘤生存提供了新的角度。AG代理基因参与该文章中果蝇肠道的宏基因组测序分析和马氏管的转录组测序分析工作。

2. “常香粳1813“染色体水平基因组揭示香粳和非香粳稻间的基因组变异！

文章标题：Chromosome-Level Genome Assembly of a Fragrant Japonica Rice Cultivar ‘Changxianggeng 1813’ Provides Insights into Genomic Variations between Fragrant and Non-Fragrant Japonica Rice

发表期刊：INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES

发表时间：2022.8.26

研究内容：研究者使用Nanopore、Illumina和Hi-C测序数据的组合，提供了一个新的香稻品种“常香粳1813”的高质量参考基因组序列，这是芳香粳稻的第一次从头染色体水平基因组组装。此外，还基于该注释的基因组序列，证明了badh2-E2型缺失导致了该粳稻品种的香味。最后，还对“常香粳1813”和非香粳稻日本晴的基因组进行比较以鉴定基因组变异。毫无疑问，这些基因组资源将促进水稻的基因和基因组研究，并有利于香粳稻的品种改良。AG代理基因承担了该研究中的测序组装工作及部分分析工作。

1. Nature Plants期刊发表基于基因组组装揭示模式蕨类植物的动态基因组进化高分文章

文章标题：Dynamic genome evolution in a model fern

发表期刊：Nature Plants

发表时间：2022.09.01

影响因子：17.352

研究内容：本文通过Ceratopteris的基因组进化分析显示，至少两个WGD事件发生在300万年的蕨类植物进化历程中。由于频繁的串联重复、高分离（fractionation）率和基因组重排，使得WGD的共线基因组片段不明显。与防御相关的基因家族通过广泛的串联复制而扩展，可能来源于HGT获得细菌相关基因。此外，本文研究了涉及花和种子发育的基因进化以及植物结构与蕨类基因的同源基因，对研究被子植物生殖发育有重要意义。

2. The Plant Cell期刊发表基因组组装助力填补禹氏三角的最后一块：四倍体埃塞俄比亚芥基因组

文章题目：The final piece of the Triangle of U: Evolution of the tetraploid Brassica carinata genome

发表期刊：The Plant Cell

发表时间：2022.08.12

影响因子：12.085

研究内容：研究组装的B. carinata基因组填补了禹氏三角模型中最后一块空缺，为生物燃料原料和多倍体进化研究提供新思路。以B. carinata基因组基础进行抗性相关基因研究，为其他十字花科蔬菜的优良性状分子育种提供了重要基础。

3. PNAS期刊发表基于基因组组装揭示永生水母为什么永生！

文章题目：Comparative genomics of mortal and immortal cnidarians unveils novel keys behind rejuvenation

发表期刊：PNAS

发表时间：2022.08.29

影响因子：12.779

研究内容：研究团队组装了永生种和非永生种两种水母的基因组，并进行比较基因组学分析，分析发现永生水母体内拥有两倍多的与DNA修复和保护相关的基因拷贝，它们可产生更多的保护性和恢复性蛋白。此外，永生水母还拥有独特的突变，可抑制细胞分裂从而防止端粒的退化。最后，为了确定永生水母是如何逆转为息肉的，研究人员研究了在这种反向变形过程中活跃的基因，结果发现，永生水母会使发育基因沉默，进而使细胞恢复到原始状态，并激活其他基因，使新生细胞在新水母萌芽后重新分化，这些基因的变化共同保护了永生水母免受时间的侵蚀。

4. New Phytologist期刊发表基于基因组组装揭示草莓风味关键基因及其调控元件

题目：A multi-omics framework reveals strawberry flavor genes and their regulatory elements

发表期刊：New Phytologist

发表时间：2022.08.02

影响因子：10.323

研究内容：本研究利用杂合八倍体的eQTL、GWAS和单倍型基因组组装结果来识别风味基因及其调控元件的等位基因变异，这些有利的挥发物等位基因可以通过标记辅助选择以改善整体水果风味。此外，该文对于草莓基因调控景观、SV多样性、顺式和反式调控元件之间的复杂相互作用以及亚基因组优势给出了更多的解释，包括证实了Fragaria×ananassa的繁殖种群中存在着巨大的遗传多样性，且表明即使高度驯化的种群也含有大量的表达调控元件和结构变异。

5. 榼藤染色体水平基因组组装为三萜皂苷的生物合成提供新视角！

文章题目：Chromosome-level genome of Entada phaseoloides provides insights into genome evolution and biosynthesis of triterpenoid saponins

发表期刊：Molecular Ecology Resources

发表时间：2022.06

影响因子：8.678

研究内容：该研究获得了456Mb的榼藤染色体水平的基因组，其中重复序列占比52.7%，确定了24894个蛋白质编码基因；估计了榼藤与其他豆科植物的分化时间在72.0Ma，且经历了与大豆相同的WGD事件。此外，发现了榼藤中的几个基因家族与萜类的生物合成密切相关，尤其是OSC和TPS两个基因家族，可能已经进化成独特的齐墩果烷型三萜类骨架；最后，该研究还利用比较转录组学分析揭示了榼藤TS生物合成途径基因在不同组织中的表达模式。总之，这些数据不仅将为研究榼藤属的进化和榼藤的保护生物学提供新的视角，还将为次生代谢物的形成和药用植物的开发利用奠定基础。