海岛棉是世界上最优良的棉纤维，其热胀冷缩的性能突出，有“羊绒质感，丝绸光泽”的美誉。海岛棉纤维非常细长，因此又称为长绒棉，强度也特别高，是纺织纤维的上上品。以海岛棉织造的衣服色彩亮丽鲜明、吸湿和脱湿快、有极佳的触感及良好的透气性与吸汗力；海岛棉织物坚牢耐磨，洗涤时缩水不超过1%，能够洗涤和在高温下熨烫；抗皱、起球性能优于其他棉织物。

海岛棉原产南美热带和西印度群岛、中美洲和加勒比地区。最早广泛栽培海岛棉是南美洲的智利到厄瓜多尔地区，以后陆续传入北美洲、非洲的埃及、苏丹和亚洲的一些国家。

中国20世纪50年代从苏联成功引种海岛棉在新疆种植，先后育成了“军海 1号”和“新海棉”系列品种，已经进行多次棉花品种更换。目前，我国的自育海岛棉品种产量高、品质优良、抗病性好，满足了新疆南疆地区大面积种植生产需求。但是，迄今为止，对于海岛棉品种之间的遗传变异、系谱选择的影响以及关键性状的基因调控缺乏系统分析和深入研究。

本研究利用336份自育和引进品种组成的海岛棉群体的全基因组测序数据，进行了系统发育和群体结构分析，发现该群体主要由两个亚群组成：亚群1主要包括我国西北内陆棉区近年选育的纤维较长、较强的海岛棉品种，亚群2包含世界主要产棉国的大部分早期海岛棉品种，纤维较短且强度较低；地理传播和杂交育种又衍生出第三个混合亚群，该亚群海岛棉主要包括来自中国主要棉区的地方品种和来自世界其他棉花生产国的过渡品种，纤维质量中等。基于对该海岛棉群体产量、纤维品质、抗病性株型、熟性等15个性状进行了全基因组关联研究，获得关联位点；基于多个环境重复检测到的峰值SNP，筛选其邻近影响性状表型变异的关键基因，通过转录组分析和VIGS实验进行了初步验证。

本研究丰富了海岛棉研究的基础数据，全面解析了中国海岛棉育种谱系及其选择效果，揭示了自育海岛棉产量、品质和抗病性改良的遗传增益。