AG代理基因T2T基因组项目实测分享——ONT超长助力实现完美基因组
发布时间:2022-08-02 16:41 作者:AG代理科技
T2T(telomere to telomere)指的是通过结合多种测序技术(HiFi+ONT ultra-long),实现一条或多条染色体端粒到端粒水平组装的0 gap基因组。
近期,相继有3个物种(西瓜、拟南芥、水稻)的T2T基因组被构建,暗示着T2T基因组时代可能即将来临,不难发现的是,在这些工作中,PacBio HiFi和ONT Ultra-long已经成为构建T2T基因组必不可少的基础测序技术。
AG代理基因T2T基因组实测项目的单张芯片测序数据已在上篇ONT推文中为各位读者展示,本篇文章带来的是AG代理基因T2T基因组组装项目实测展示:
AG代理基因T2T基因组组装案例实测展示
从上表来看,五个展示的样本中,经gap填补后,均达到gap-free水平;T2T基因组完整性评估BUSCO评估值均在99%以上;QV值用于基因组准确性评估,均在预期指标40以上;另外,5个样本的大部分端粒都已被组装出来,例如样本#植物4已完成理论数目端粒的组装。
在构建T2T基因组中,需要重点解决着丝粒、端粒等区域的组装问题,而在T2T基因组构建完成之后,还可以进行一些更为深入的研究,如下:
目前,AG代理基因已在多种动植物超长片段DNA的提取(使用自主研发的Super Long抽提试剂盒)、建库及测序领域积累了大量经验。针对T2T基因组研究,AG代理基因推出以下研究策略: