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顾连峰教授

报告题目：纳米孔测序技术在林木表观遗传学研究中的应用

Q：顾教授您好，想请问您鉴定APA位点的时候，提到了需要一定的数据量，这个数据量要达到多少APA的鉴定结果才是可信的？

A：以plant physiology那篇文章为例，我们测了两个芯片，基本上中等丰度的都可以被鉴定，低丰度的可能需要加大芯片数。

Q：顾教授，请问怎么区分新转录本和非全长的老转录本？

A：这个很难从DRS里面去区分新老，我们只能区分出全长还是非全长，所以如果想要区分新老，需要在上游提RNA的时候来区分，不能在下游测完之后区分。

Q：请问这样测序的深度需要测多少？RNA的量呢？

A：以RNA m6A为例，RNA m6A测序实际上是个转录组测序，它跟基因组没有什么关系，当做普通转录组的测序的深度去做就可以，目前本课题组所做的杨树的测序用了两张芯片做了两个重复。

Q：顾教授您好，请问training出来有具体的量化数据吗？比方说m6A修饰的电信号是A，无修饰的是B，如何确定体内没有噪音呢？

A：首先我们对电流信号的有无修饰是已知的，随后进行纳米孔单分子测序，测序出来之后，通过信号分割能够精准的知道有修饰的电流信号和无修饰的电流信号的平均值、中位数、标准差以及过孔时间这些数据，拿着这些数据去training。

Q：顾教授，从您的经验考虑，请问RNA帽子结构可以识别吗？或者第一个碱基的m6A呢？

A：当对reads进行mapping的时候，如果和5’端注释的位置相吻合的时候，可以判定它是一个全长的reads，如果这个reads很短的话，基本上可以判定是一个正在降解的reads，至于其他的修饰，如m6A，将A碱基和修饰的m6A进行替换成其他的修饰方式就可以识别。