讲师：王胜博士

单位：中国科学院昆明动物研究所

报告题目：Long read genome assemblies complemented by single cell RNA-sequencing reveal genetic and cellular mechanisms underlying the adaptive evolution of yak

1.老师您好，三代SV的检测，建议至少要测到多少深度，才能达到准确和完整的鉴定呢？

在人的研究里面，大概15X的三代测序就够了，但是也有一些文章比较，大家可以自己去检索看下；如果是HIFI的话，可能覆盖的深度是更低的。

2. 老师您好，如果要精细分析TAD和loop，Hi-C大概要测到多少深度，才能达到所需的分辨率呢？谢谢解答。

分析到TAD的过程，精度大概要达到几十Kb到几百Kb的深度；如果是loop的话，需要达到几十Kb的深度，我大概就是这么理解的。另外，HI-C测序精度的定义和我们平常的全基因组测序的概念还是有些差异的，大家可以自己找相关文章重点看一下，也就是达到几十Kb或者击几百Kb精度所需的数据量是多少，它其实和我们传统的全基因组测序是有差别的。

3. 刚刚除了提到肺脏表达更多的携带SV的差异表达基因，还提到了这些结构变异多位于内含子和基因间区，请问这对可变剪切影响大吗？另外您有对比过其他物种尤其是近缘物种中的结构变异大多发生在哪些位置吗？

这个问题非常好，其实我看过一些文献，比如说最近非常火的一篇文章，就是研究人类大猿无尾的文章，它那个结构变异就是位于内含子区，造成了一个可变剪切，大概的一个影响就是，作者比较了大猿（都是无尾的）和小猿以及其他灵长类的一个叫做TBXT的基因，大概机制是这样的：由于一个内含子的旁边插入了一个Alu，这个Alu大概是300bp，在人里面它是一个非常活跃的Transposon，而这个内含子还存在另外一个同一类型的Transposon，二者方向相反，在转录形成mRNA的时候会结合在一起，导致中间外显子的丢失，就造成了一个可变剪切。大家可以找下这篇文章来看一下，但是这篇文章好像还只是发在预印上面，这篇文章非常经典，他们后面还做了一些基因敲除的实验，把老鼠的这个外显子敲掉，但是他们的结果显示有些老鼠没有尾巴，有些老鼠也是有尾巴的，所以这个调控机制还是非常复杂的；但是这个可变剪切确实是会影响尾部发育的，这个是确定的。

4. 刚刚提到5个转录因子与肺脏高原适应有关，好像多数都是和缺氧有关的，有没有其他适应高原的特征转录因子？

答：由于我们主要看了肺脏的差异表达基因，主要还是跟低氧适应相关。其实我们也看了心脏的表达差异基因，当时没有放到正文里