1．Nanopore高质量基因组结合单细胞测序揭示了牦牛适应性进化的遗传机制（）

 

文章标题：Long read genome assemblies complemented by single cell RNA-sequencing reveal genetic and cellular mechanisms underlying the adaptive evolution of yak

发表期刊：Nature Communications

发表时间：2022.09.06

影响因子：17.694

研究内容：本研究提出了野生牦牛和家养牦牛的两个高质量染色体水平基因组，通过黄牛和牦牛的基因组比较来筛选携带高FST SV的候选基因，并进一步说明这些基因在牦牛适应中的潜在作用。还提供了牦牛中SV的全基因组目录和牛肺组织的单细胞转录组谱。这些高质量的基因组和单细胞RNA-seq数据为未来牛物种研究提供了重要来源。

 

2．Nature genetics期刊发表基于靶向纳米孔测序方法鉴定分析复杂调控原件研究成果（）

 

文章标题：Long-range phasing of dynamic, tissue-specific and allele-specific regulatory elements

发表期刊：Nature Genetics

发表时间：2022.10.04

影响因子：41.307

研究内容：本研究基于纳米孔测序技术的长读长优势，开发了一种新的靶向纳米孔测序方法，可有效地应用多种基因调控元件的鉴定。对亲本印记和其他调控元件进行了相位分析，发现了驱动IGF2基因表达的非规范增强子。靶向纳米孔测序方法有助于研究其他许多复杂的、含有重复区域和等位基因特异性调控的基因。

 

3．NC期刊发表基于基因组组装揭示葱属进化和风味形成机制研究成果（）

 

文章标题：Chromosome-level genome assembly of bunching onion illuminates genome evolution and flavor formation in Allium crops

发表期刊：Nature Communications

发表时间：2022.11.05

影响因子：17.694

研究内容：本研究报道了11.27 Gb的葱（Allium fistulosum）染色体水平基因组，结合转录组、代谢物检测等分析，多组学联合解析其巨大基因组及独特风味的形成机制。结合不同的葱属植物重测序数据，进行葱属物种的种群结构、传播路线等分析，揭示中国是葱的起源和驯化中心。该研究结果为葱属植物的基因组进化、风味形成和驯化历史提供见解，并为未来这些植物重要性状的分子育种提供强大基础。

 

4．NC文献解读 | 应用长读+短读测序技术构建新加坡人群高质量的肠道微生物Ref-宏基因组图谱（）

 

文章标题：Genome-centric analysis of short and long read metagenomes reveals uncharacterized microbiome diversity in Southeast Asians

发表期刊：Nature Communications

发表时间：2022.10.13

影响因子：17.694

研究内容：本研究通过深入的混合组装宏基因组分析大幅增加现有数据库的能力突出了该策略应用于东南亚等研究不足的地理区域的价值，突出了亚洲未特化微生物多样性的重要性，并为世界各地的精准医疗计划提供了针对人群的“platinum”宏基因组参考模板。

 

5． Microbiome高分文献解读 | Nanopore宏基因组揭示微生物组在二氧化碳甲烷化过程中的作用（）

 

文章标题：Integrating metagenomic binning with flux balance analysis to unravel syntrophies in anaerobic CO2 methanation

发表期刊：Microbiome

发表时间：2022.08.03

影响因子：14.650

研究内容：生物甲烷化固碳是一种有前途的生产可再生能源的技术。二氧化碳甲烷化通常是由附着在固体载体上的微生物群产生生物膜来完成的。虽然参与沼气升级的厌氧消化微生物群很简单，但大多数物种间相互作用背后的动力仍然不清楚。为了解析微生物在二氧化碳固定中的作用，作者采用Nanopore- Illumina混合测序方法，通过基因组中心的宏基因组学研究了四个沼气升级反应器扩散装置上的生物膜，利用基因组引导的代谢重建和通量平衡分析，提出了优势微生物的生物学作用。

 

6．PNAS期刊发表全球空气中的菌群结构与人类活动的相互作用研究结果（）

 

文章标题：Global airborne bacterial community-interactions with Earth’s microbiomes and anthropogenic activities

发表期刊：PNAS

发表时间：2022.10.10

影响因子：12.779

研究内容：本文分析了来自全球63个地点的803份空气颗粒样本的菌群，构建了一个空气传播菌的参考集，其中包含超2700万个非冗余16S rRNA序列。本文展示了空气菌群的生物地理模式，并破译了微生物组共生网络与地球表面环境的交错。

 

7．基于宏基因组技术揭示沼泽土壤中新型趋磁Elusimicrobiota的基因组回收及重建研究成果（）

 

文章标题：Recovery and genome reconstruction of novel magnetotactic Elusimicrobiota from bog soil

发表期刊：The ISME Journal

发表时间：2022.10.27

影响因子：11.217

研究内容：趋磁细菌（MTB）是风度较低且研究不足的细菌门，属于稀有生物圈。本文使用磁分离技术富集趋磁菌，并使用宏基因组、16S等方法研究黑沼泽土壤及其富磁部分的菌群结构及功能基因。发现了属于Elusimicrobiota的两种新的趋磁菌——自由念珠菌DUR002和暗念珠菌DUR003。

 

8．园艺学顶刊Horticulture Research发表杜鹃gapless基因组及花色差异的多组学研究成果（）

 

文章标题：Gapless genome assembly of azalea and multi-omics investigation into divergence between two species with distinct flower color

发表期刊：Horticulture Research

发表时间：2022.10.26

影响因子：7.291

研究内容：本研究利用ONT数据，结合Illumina和HiC测序技术，组装了gapless的黄花杜鹃（R. molle）高质量基因组，多条染色体达到T2T水平。通过黄花/红花杜鹃的比较基因组分析，发现Gypsy扩张与基因组大小的增加及散在重复、假基因数量的增加相关。结合代谢组、时序基因共表达网络（TO-GCNs）和比较分析揭示了不同花色素沉着的特定基因调控变化机制。本研究采用多组学策略，解开两种重要杜鹃花之间的花色差异机制，为进一步的功能遗传学和分子育种提供参考。

 

 

9．Molecular Ecology期刊发表盐度和宿主驱动横跨大西洋-波罗的海的石莼相关细菌群落梯度适应研究成果（）

 

文章标题：Salinity and host drive Ulva-associated bacterial communities across the Atlantic–Baltic Sea gradient

发表期刊：Molecular Ecology

发表时间：2022.03.30

影响因子：6.622

研究内容：本文在481个样本中表征了2000公里海岸线的15个石莼属物种的菌落，研究了海藻相关细菌在大西洋-波罗的海盐度梯度上的稳定性和变异性。盐度和宿主在石莼相关菌群结构中起主要作用，同时，与不同盐度区域相关的特征性细菌群落可能有助于宿主在整个环境梯度的适应。后续可在此基础上挖掘宿主与菌群在对盐度波动耐受性之间的因果关系。