英文标题：Application of MinION Amplicon Sequencing to Buccal Swab Samples for Improving Resolution and Throughput of Rumen Microbiota Analysis

中文标题：对口腔拭子进行MinION扩增子测序可提高瘤胃菌群分析的分辨率和通量

发表期刊：Frontiers in Microbiology

影响因子：5.640

发表时间：2022年03月24日

1. 不同测序平台的注释率比较

所有Nanopore、Pacbio平台数据均在物种水平上被鉴定到，但Illumina平台数据在种水平上仅有58%的数据被注释到。说明三代平台测V1-V9区相对于二代平台测V3-V4区而言，在注释率上有明显的提升。

2. 三代平台使用不同扩增区域不同注释方法的比较

研究发现，扩增区域与分析方法对目科水平的结果影响不明显，但对属种水平的结果有显著影响，其中V1-V9与LAST注释方法结合在属种水平的注释率最高。

3. ONT与2代平台在物种水平上注释结果的比较

上图显示了Nanopore与Illumina平台鉴定的主要属级别结果，所有ONT平台数据都在属级别进行了分类，而2代却有20-90%不等的数据无法进行属级别分类。

4. ONT平台与口腔拭子结合的适用性

将瘤胃内容物与口腔拭子的菌群结果进行比较，发现155种仅在口腔拭子中存在的菌，推测其为口腔细菌。对过滤掉口腔细菌后的菌群进行主成分分析，发现过滤之后的拭子菌群与瘤胃内容物更加接近，但被口腔细菌高度污染的5个样本在过滤之后与瘤胃内容物仍保持分离。

5. ONT平台与口腔拭子结合方法的个体差异

使用聚类分析评估了10个过滤后的口腔拭子菌群结构差异，被分为两个集群（BS1-7个；BS2-3个）。其中，BS1中有较高比例的普雷沃特氏菌，BS2中有较高比例的梭状菌。

Nanopore平台在种级别的注释率高于Illumina平台，且Nanopore平台和口腔拭子样本的组合适用于在大规模研究中进行瘤胃微生物分析。

参考文献：

Hiroto M, et al., Application of MinION Amplicon Sequencing to Buccal Swab Samples for Improving Resolution and Throughput of Rumen Microbiota Analysis. Frontiers in Microbiology. 2022.