您好,欢迎光临武汉AG代理科技有限公司
027-62435310 | service@speedracings.com | 中文 |
您现在的位置: > 市场与支持 > 文献解读 >

2023年终总结 | AG代理基因突破性技术汇总

 

蹄疾步稳行致远,奋楫扬帆又一程。2023年,AG代理基因“T2T基因组”产出稳定,深受客户信任,发表多篇项目成果。“单倍型T2T基因组”和“Hyper-seq”成为行业前沿技术新秀。今日小编从基因组、转录组、微生物三大方向汇总了2023年突破新技术。

 

基因组

 

 

 

AG代理基因ONT Super-long测序遥遥领先

 

 

AG代理基因拥有ONT Super-long DNA提取、建库独家秘籍,在ONT超长测序领域遥遥领先。已实现不切胶、不富集片段,直接测序产出超长片段。

图片
 

项目案例详见:

 

 

正式引进PacBio Revio测序仪,率先引领三代测序全球市场

 

 

2023年6月14日,AG代理基因正式引进PacBio Revio测序仪并在第一时间完成了PacBio Revio 测试,不同物种的测序数据产出、读长和质量值表现出了良好效果。2023年6月20日,AG代理基因联合康圣环球举办三代测序平台PacBio Revio启动发布会。

 

图片

 

更高通量的PacBio Revio入驻使用,可实现单张芯片2500万个ZMW单分子实时测序,AG代理基因将进一步加速科研服务,助力生命科学研究。

 

PacBio Revio应用场景:

 

 

参考基因组金标准——T2T基因组

 

 

高质量参考基因组是功能基因组学和分子育种的基础。结合最新的ONT Ultra-long和PacBio HiFi测序技术,可以实现基因组端粒到端粒(Telomere-to-Telomere,T2T)的基因组组装,为物种参考基因组的更新提供了前所未有的机遇。近一年已有50余篇相关文章发表,结合目前ONT超长测序和PacBio Revio system的应用。在未来,T2T基因组将会是参考基因组的金标准。

 

图片

 

T2T基因组的组装,离不开HiFi和ONT超长数据,其中HiFi数据为基因组准确度提供保障,ONT超长数据可完美解决基因组的高重复区域及gap区域的连接。AG代理基因自引进Nanopore和PacBio测序仪器以来,以提高测序产量和测序质量为长期目标,不断优化实验体系,ONT超长及PacBio HiFi产出稳定。AG代理基因已与多家单位合作发表多篇T2T基因组项目文章,详见:  

 

 

完美参考基因组解决方案

——单倍型T2T基因组

 

 

 针对高杂合二倍体或多倍体物种,开发新的基因组解决方案,特别是结合新测序技术和生信算法,进行单倍型基因组组装(Haplotype-resolved genome),并结合T2T gapfree基因组的最新组装策略,完成Haplotype-resolved T2T 基因组组装,构建完美参考基因组。

 

图片

 

Haplotype-resolved T2T genome组装特点:

(1)高杂合二倍体或多倍体物种基因组高精度分型;

(2)分型基因组端粒到端粒的0 gap组装;

(3)高准确性单倍型特征研究。

 

单倍型T2T基因组完整解决方案详见:

 

 

新一代分子育种标记技术——Hyper-seq

 

 

Hyper-seq是一种极低成本、高效、灵活、高通量的DNA测序文库制备和基因分型方法。该技术具有广泛的适用性和可扩展性,同时具有一定的基因区域富集效应。通过特殊的PCR方式,不需要额外酶切和连接接头等,实现大量样品同时建库,产出海量基因型大数据,以低成本满足不同物种大规模分型测序的需求,为高效率大数据育种和群体研究按下加速键。

 

图片

 

应用方向:

1、作物遗传背景筛选、种质资源评估、核心种质构建

2、DNA指纹图谱构建、品种鉴定

3、遗传图谱构建、GWAS性状定位研究

4、分子标记辅助育种、GS选择育种

 

Hyper-seq研究详见:

 

 

指哪测哪!AG代理基因强势推出

——ONT靶向测序Adaptive Sampling

 

 

基于Nanopore测序平台建库步骤无需扩增、测序reads长、直接测序等优势,AG代理基因推出Adaptive Sampling测序方法(简称AS),完成靶向序列富集测序,通过富集目标DNA/RNA分子,为感兴趣的目标区域(ROI,region of interest)产生足够的覆盖深度,可以提供目标区域充足信息。

 

AS靶向测序优势:

1、Nanopore直接测序,保留碱基修饰信息,

2、两种模式(enrichment和depletion),比对后富集或比对后去除

3、无需复杂、耗时的实验方法,建库常规,无需额外的实验步骤,基于生信分析轻松富集ROI

4、无需打断,reads长度与所测序列长度相当

5、轻松拿捏常规靶向测序难以获得的区域

 

AS靶向测序方法:

 

图片

图1 Adaptive Sampling 示意图(enrichment模式)

 

1、准备DNA文库进行测序,不需任何扩增或富集的实验步骤,需上传想富集的序列;2、通过ONT实时测序快速比对已测序链,确定是否为目标区域后进行测序,边测序边富集

 

AS靶向测序应用实例:

 

 

 

 

转录组

 

 

 

RNA直接测序数据量突破历史极值,遥遥领先

 

 

作为全球最大的Direct RNA测序服务商,AG代理基因目前已测序完成2000+ Direct RNA测序样品。11月11日,AG代理基因国内首发RNA直接测序试剂盒(RNA004)的测序结果:单张芯片数据总产出35.53Gb。

 

图片

 

图片

 

使用AG代理基因自主研发的针对RNA直接测序的RNA提取试剂盒,和优化的建库方法,本次RNA004的测试数据的产量相对于RNA002的实测数据(中位值5-10Gb),有着非常大的提升(单张芯片产出35.53 Gb)。同时数据质量值也更高(Q值中位值约97.5%)。

 

点击了解详情:

 

Direct RNA测序完整解决方案:

 

 

首发!AG代理基因自主研发的全长lncRNA测序技术正式发布

 

国内最大的Nanopore测序服务商AG代理基因于11月正式推出自主研发的全长lncRNA测序技术。该技术无需对去除rRNA后的RNA打断,直接获取逆转录后的cDNA的5’到3’全长序列,不依赖于Poly(A)富集,同时对含有Poly(A)尾和不含有Poly(A)尾的lncRNA转录本进行鉴定和定量,并系统全面地分析可变剪切。

 

图片

 

技术优势:

1.无需拼接,直接获得全长lncRNA序列

2.对lncRNA转录本进行定量

3.鉴定lncRNA的可变剪切

4.捕获mRNA、tRNA、小RNA等其它类型的RNA

 

点击了解详情 :

全长lncRNA测序应用案例:

 

 

Poly(A)长度检测和定量解决方案

——TAIL Iso-seq

 

 

国内最大的Nanopore测序服务商AG代理基因于1月推出TAIL Iso-seq技术——可分析Poly(A)特征的全长转录组测序。该技术除准确分析可变剪接、融合基因、鉴定新异构体,精确定量转录本表达水平之外,更能全面检测转录本的Poly(A)长度分布,直接反映Poly(A)长度对转录本表达的调控作用。

 

图片

 

特色分析内容:

转录本的Poly(A)长度分布

组间基因/转录本水平的Poly(A)长度差异分析

Poly(A)长度与转录本表达的关联分析

3’UTR长度和Poly(A)长度的联合分析

APA和Poly(A)长度的联合分析

 

点击了解详情:

 

Poly(A)尾研究案例:

 

 

AG代理基因云分析平台BenagenCloud:

一键操作,轻松搞定转录组全流程分析

 

云平台网址://www.benagencloud.com/

 

2023年12月15日,AG代理基因云分析平台BenagenCloud——转录组分析模块正式上线!即日起,所有做转录组测序分析的客户,均可免费享受价值1999元的AG代理基因云分析平台BenagenCloud分析服务。

 

无需服务器,无需搭建环境,无需写代码,在本地即可轻松完成转录组的全流程分析,还可根据需求选择个性化组合分析,一个网页,轻松玩转转录组数据!

 

图片

 

点击了解详情:

 

 

 

 

微生物

 

 

 

首发!AG代理基因宏Hi-C完成图新品亮相!

——宏基因完成图组装和宿主-质粒/病毒关系研究神器。

 

 

使⽤MetaHi-C技术对组装好的contig水平的宏基因组分箱(Binning),得到更多⾼质量的宏基因组组装基因组(MAG),甚⾄是宏基因组中不可培养微⽣物的完成图。同时,基于MetaHi-C互作信号,揭⽰宿主-质粒/宿主-病毒的潜在关联关系。

 

图片

宿主-质粒(红)/病毒(蓝)网络图        MQ、HQ-MAGs的进化分析     细菌完成图注释圈图

 

研究亮点:

 

单菌完成图

 

新菌基因组

 

宿主-质粒/病毒关系

 

中高质量MAG丰度及系统发育关系研究

 

不同样本MAG变异研究

 

不同样本MAG甲基化研究

 

 

宏Hi-C完成图详见:

 

 

 

 

 

翘首以盼,AG代理基因云分析平台BenagenCloud正式上线!

 

 

30 mins极速分析微生物多样性全流程(含27项分析条目)!首次亮相,福利大放送,2023年9月30日起送测的微生物多样性项目客户,均可免费体验价值99元的AG代理基因云分析平台BenagenCloud分析服务,详情联系驻地销售,为您开通免费分析权限。

 

图片

 

主要分析结果展示:

 

图片

物种组成柱状图           PCA图
 

图片


LEfSe分析进化分枝图     相关性网络图

 

BenagenCloud详见:

 

 

 


Copyright © 2018 武汉AG代理科技有限公司 . All Rights Reserved. Designed by 鄂ICP备2021008976号-2

友情链接

  • 西安生物科技 | 郑州物联网技术 | 西安变形缝 | 成都医学科技 | 电动车辆制造 | 智能控制器 |