2023年终总结 | AG代理基因突破性技术汇总 - 武汉AG代理科技服务有限公司

2023年终总结 | AG代理基因突破性技术汇总

发布时间：2023-12-26 22:48 作者：AG代理科技

蹄疾步稳行致远，奋楫扬帆又一程。2023年，AG代理基因“T2T基因组”产出稳定，深受客户信任，发表多篇项目成果。“单倍型T2T基因组”和“Hyper-seq”成为行业前沿技术新秀。今日小编从基因组、转录组、微生物三大方向汇总了2023年突破新技术。

基因组

AG代理基因ONT Super-long测序遥遥领先

AG代理基因拥有ONT Super-long DNA提取、建库独家秘籍，在ONT超长测序领域遥遥领先。已实现不切胶、不富集片段，直接测序产出超长片段。

项目案例详见：

正式引进PacBio Revio测序仪，率先引领三代测序全球市场

2023年6月14日，AG代理基因正式引进PacBio Revio测序仪并在第一时间完成了PacBio Revio 测试，不同物种的测序数据产出、读长和质量值表现出了良好效果。2023年6月20日，AG代理基因联合康圣环球举办三代测序平台PacBio Revio启动发布会。

更高通量的PacBio Revio入驻使用，可实现单张芯片2500万个ZMW单分子实时测序，AG代理基因将进一步加速科研服务，助力生命科学研究。

PacBio Revio应用场景：

参考基因组金标准——T2T基因组

高质量参考基因组是功能基因组学和分子育种的基础。结合最新的ONT Ultra-long和PacBio HiFi测序技术，可以实现基因组端粒到端粒（Telomere-to-Telomere，T2T）的基因组组装，为物种参考基因组的更新提供了前所未有的机遇。近一年已有50余篇相关文章发表，结合目前ONT超长测序和PacBio Revio system的应用。在未来，T2T基因组将会是参考基因组的金标准。

T2T基因组的组装，离不开HiFi和ONT超长数据，其中HiFi数据为基因组准确度提供保障，ONT超长数据可完美解决基因组的高重复区域及gap区域的连接。AG代理基因自引进Nanopore和PacBio测序仪器以来，以提高测序产量和测序质量为长期目标，不断优化实验体系，ONT超长及PacBio HiFi产出稳定。AG代理基因已与多家单位合作发表多篇T2T基因组项目文章，详见：

完美参考基因组解决方案

——单倍型T2T基因组

针对高杂合二倍体或多倍体物种，开发新的基因组解决方案，特别是结合新测序技术和生信算法，进行单倍型基因组组装（Haplotype-resolved genome），并结合T2T gapfree基因组的最新组装策略，完成Haplotype-resolved T2T 基因组组装，构建完美参考基因组。

Haplotype-resolved T2T genome组装特点：

（1）高杂合二倍体或多倍体物种基因组高精度分型;

（2）分型基因组端粒到端粒的0 gap组装;

（3）高准确性单倍型特征研究。

单倍型T2T基因组完整解决方案详见：

新一代分子育种标记技术——Hyper-seq

Hyper-seq是一种极低成本、高效、灵活、高通量的DNA测序文库制备和基因分型方法。该技术具有广泛的适用性和可扩展性，同时具有一定的基因区域富集效应。通过特殊的PCR方式，不需要额外酶切和连接接头等，实现大量样品同时建库，产出海量基因型大数据，以低成本满足不同物种大规模分型测序的需求，为高效率大数据育种和群体研究按下加速键。

应用方向：

1、作物遗传背景筛选、种质资源评估、核心种质构建

2、DNA指纹图谱构建、品种鉴定

3、遗传图谱构建、GWAS性状定位研究

4、分子标记辅助育种、GS选择育种

Hyper-seq研究详见：

指哪测哪！AG代理基因强势推出

——ONT靶向测序Adaptive Sampling

基于Nanopore测序平台建库步骤无需扩增、测序reads长、直接测序等优势，AG代理基因推出Adaptive Sampling测序方法（简称AS），完成靶向序列富集测序，通过富集目标DNA/RNA分子，为感兴趣的目标区域（ROI，region of interest）产生足够的覆盖深度，可以提供目标区域充足信息。

AS靶向测序优势：

1、Nanopore直接测序，保留碱基修饰信息，

2、两种模式（enrichment和depletion），比对后富集或比对后去除

3、无需复杂、耗时的实验方法，建库常规，无需额外的实验步骤，基于生信分析轻松富集ROI

4、无需打断，reads长度与所测序列长度相当

5、轻松拿捏常规靶向测序难以获得的区域

AS靶向测序方法：

图1 Adaptive Sampling 示意图（enrichment模式）

1、准备DNA文库进行测序，不需任何扩增或富集的实验步骤，需上传想富集的序列；2、通过ONT实时测序快速比对已测序链，确定是否为目标区域后进行测序，边测序边富集

AS靶向测序应用实例：

转录组

RNA直接测序数据量突破历史极值，遥遥领先

作为全球最大的Direct RNA测序服务商，AG代理基因目前已测序完成2000+ Direct RNA测序样品。11月11日，AG代理基因国内首发RNA直接测序试剂盒（RNA004）的测序结果：单张芯片数据总产出35.53Gb。

使用AG代理基因自主研发的针对RNA直接测序的RNA提取试剂盒，和优化的建库方法，本次RNA004的测试数据的产量相对于RNA002的实测数据（中位值5-10Gb），有着非常大的提升（单张芯片产出35.53 Gb）。同时数据质量值也更高（Q值中位值约97.5%）。

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Direct RNA测序完整解决方案：

首发！AG代理基因自主研发的全长lncRNA测序技术正式发布

国内最大的Nanopore测序服务商AG代理基因于11月正式推出自主研发的全长lncRNA测序技术。该技术无需对去除rRNA后的RNA打断，直接获取逆转录后的cDNA的5’到3’全长序列，不依赖于Poly(A)富集，同时对含有Poly(A)尾和不含有Poly(A)尾的lncRNA转录本进行鉴定和定量，并系统全面地分析可变剪切。

技术优势：

1.无需拼接，直接获得全长lncRNA序列

2.对lncRNA转录本进行定量

3.鉴定lncRNA的可变剪切

4.捕获mRNA、tRNA、小RNA等其它类型的RNA

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全长lncRNA测序应用案例：

Poly(A)长度检测和定量解决方案

——TAIL Iso-seq

国内最大的Nanopore测序服务商AG代理基因于1月推出TAIL Iso-seq技术——可分析Poly(A)特征的全长转录组测序。该技术除准确分析可变剪接、融合基因、鉴定新异构体，精确定量转录本表达水平之外，更能全面检测转录本的Poly(A)长度分布，直接反映Poly(A)长度对转录本表达的调控作用。