（一） 辰山植物园徐萍团队在植物学顶刊发文揭示益母草碱的生物合成途径和进化

文章标题：Multi-Omics Analyses of Two Leonurus Species Illuminate Leonurine Biosynthesis and Its Evolution

发表期刊：Molecular Plant

影响因子：27.5

发表时间：2023.11

AG代理提供服务：全部测序以及部分分析工作

主要研究内容：该研究结合ONT，HIC，illumina数据来组装益母草（高含量益母草碱）和细叶益母草（极低含量益母草碱）染色体水平基因组。利用多组学和多系统生化实验，成功从头构建了益母草碱的生物合成途径，明确了两种益母草中益母草碱这种药用成分的差异源头，揭示了益母草碱在植物体中的合成之谜。这一研究成果也为益母草碱的绿色、高效生物合成奠定了坚实的基础，有望在未来推动益母草的育种研究以及益母草碱的开发应用。

文献链接：

//doi.org/10.1016/j.molp.2023.11.003

（二） 南京农业大学宋庆鑫团队发表首个大豆T2T gapfree基因组

文章标题：A telomere-to-telomere gap-free assembly of soybean genome

发表期刊：Molecular Plant

影响因子：27.5

发表时间：2023.08

AG代理提供服务：ONT超长测序

主要研究内容：该研究结合PacBio HiFi（~29×），ONT ultra-long（~124×）和Hi-C技术，以HIFI数据为骨架组装基因组，用ONT数据填补gap，最后成功组装了第一个端粒到端粒0 gap的大豆基因组（Wm82-NJAU）。高度连续和完整的T2T基因组序列提供了确定端粒和着丝粒的基因组和表观基因组特征的机会。该研究为功能基因组学研究提供了宝贵的资源，将进一步促进大豆的遗传改良。

文献链接：

//doi.org/10.1016/j.molp.2023.08.012

（三） 河北大学杜会龙教授团队发表药用大黄高质量同源四倍体基因组并解析大黄根中蒽醌类物质积累的遗传学基础

文章标题：The haplotype-resolved genome assembly of autotetraploid rhubarb Rheum officinale provides insights into the genome evolution and massive accumulation of anthraquinones

发表期刊：Plant Communications

影响因子：10.5

发表时间：2023.08

AG代理提供服务：ONT超长测序

主要研究内容：该研究结合PacBio HiFi(~131 Gb)、ONT ultra-long(~12 Gb)和Hi-C等测序技术对药用大黄进行基因组组装，首次解析了同源四倍体药用大黄的基因组信息。利用多组学分析，探究了蓼科植物的基因组进化与重要基因家族的演化，解析了转座子在基因组进化、基因拷贝数变异和基因表达调控中的重要作用，并揭示了药用大黄根中高蒽醌含量的遗传学基础，为药用大黄重要功能基因的挖掘和分子育种提供了重要的基因组资源。

文献链接：

//doi.org/10.1016/j.xplc.2023.100677

（一） 首个完整的中药重齿当归线粒体基因组

文章标题：Assembly and comparative analysis of the first complete mitochondrial genome of a traditional Chinese medicine Angelica biserrata (Shan et Yuan) Yuan et Shan

发表期刊：International Journal of Biological Macromolecules

影响因子：8.2

发表时间：2023.12

AG代理提供服务：全部测序以及部分分析工作

主要研究内容：独活，是为伞形科植物重齿当归Angelica pubescens的干燥根，被广泛用于治疗风湿痛等疾病。本研究采用Illumina+Nanopore长短reads混合组装策略，测序并组装。该研究发现重齿当归等mtDNA具有独特的多分支构象。通过对六个近缘物种的蛋白质编码序列（PCGs）进行综合分析，发现它们的线粒体基因组中有11个共有基因。此外，在atp4、matR、nad3和nad7基因的进化过程中，正选择是一个重要因素。此外，本研究通过细胞器之间的同源片段迁移分析发现了叶绿体和线粒体细胞器之间同源片段反复迁移的趋势，鉴定了13个横跨叶绿体和线粒体基因组的同源片段。随后通过系统发育树确定了物种间的进化关系，重齿当归的线粒体基因组对Acanthopanax属和Araliaceae科其他属物种的种群遗传学和进化研究具有重要贡献。

文献链接：//www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813023054703

（二） FRONT PLANT SCI期刊发表石榴完整线粒体基因组的组装、分析以及叶绿体基因组的基因转移研究成果

文章标题：Assembly and analysis of the first complete mitochondrial genome of Punica granatum and the gene transfer from chloroplast genome

发表期刊：Frontiers in Plant Science

影响因子：5.6

发表时间：2023.06

AG代理提供服务：全部测序以及部分分析工作

主要研究内容：本研究采用BGI+Nanopore长短reads混合组装策略，成功测序并组装了石榴的线粒体基因组。线粒体以多分支为主，基因组总长度为404,807 bp，注释了37个独特的PCGs，并识别了146个SSR。此外，还检测到400对分散的重复序列，包括179个回文重复，220个正向重复和一个反向重复。研究检测到14个与叶绿体基因组同源的片段，总长度为2,200 bp，占线粒体基因组总长度的0.54%。系统发育分析表明，石榴与千屈菜科的紫薇有最密切的遗传关系。所发现的RNA编辑事件都是C-U编辑，并预测在cox2和nad7基因中分别有一个从ACG到AUG的编辑事件，该研究为了解高等植物的进化和石榴种质资源的利用提供了理论依据。

(一) RNA-seq助力武汉大学宋威和叶旭军团队Nature发文揭示肿瘤与肾脏互作的新机制

文章标题：A novel antidiuretic hormone governs tumour-induced renal dysfunction

发表期刊：Nature

影响因子：64.8

发表时间：2023.12.7

AG代理提供的服务：转录组测序及分析

研究内容：该研究通过保守的果蝇肿瘤模型和高通量体内筛选，鉴定到果蝇中第一例明确的抗利尿激素——F亚型离子转运肽ITPF，并发现其由恶性肿瘤和肠道内分泌细胞分泌，直接作用于果蝇马氏管（类似于人的肾小管），破坏其排水功能，导致严重的体液潴留。此外，还首次发现哺乳动物神经激肽3受体（NK3R）作为果蝇TkR99D的同源物可在肾小管上皮细胞中表达，通过小分子药物阻断NK3R，有效改善多种恶性肿瘤导致的小鼠肾小管功能障碍。

文献链接：

//www.nature.com/articles/s41586-023-06833-8

(二) RNA-seq助力揭示水稻根系规避非对称重金属和盐胁迫的机制

文章标题：Rice roots avoid asymmetric heavy metal and salinity stress via a RBOH-ROS-auxin signaling cascade

发表期刊：Molecular Plant

影响因子：27.5

发表时间：2023.9.20

AG代理提供服务：转录组测序及部分分析

研究内容：该研究揭示了水稻通过RBOH-ROS-Auxin信号通路模块重塑根系构型以规避分布不均的重金属和盐胁迫。该胁迫规避策略有望被利用于提高作物对异质土壤环境的适应性，增强作物根系避免土壤中重金属富集斑块的能力，减少有毒金属在粮食作物中的积累，从而保障食品安全。

文献链接：

//www.cell.com/molecular-plant/fulltext/S1674-2052(23)00278-2

(三) RNA-seq助力揭示纳米氧化锌干扰胎儿神经系统发育机制

文章标题：MDM2 upregulation induces mitophagy deficiency via Mic60 ubiquitination in fetal microglial inflammation and consequently neuronal DNA damage caused by exposure to ZnO-NPs during pregnancy

发表期刊：Journal of Hazardous Materials

影响因子：13.6

发表时间：2023.6.1

AG代理提供服务：转录组测序及分析

研究内容：该研究通过静脉注射建立了孕期暴露于ZnO-NPs的动物模型，并观察了胎鼠脑组织的神经炎性反应和神经元损伤情况。ZnO-NPs可以穿过发育不发达的血脑屏障进入胎儿脑组织并被小胶质细胞内吞。通过RNA-seq技术筛选到表达差异的线粒体基因，通过验证试验表明了ZnO-NPs通过激活MDM2增加Mic60泛素化，导致线粒体动态平衡失衡损伤线粒体功能。本研究阐明了纳米氧化锌对胎儿的发育毒性，提高了对其致病性的认识，为其在孕妇中的应用和风险规避提供了参考和依据。

文献链接：

//www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0304389423010336

(一) 纳米孔长读长RNA测序揭示人类血管平滑肌细胞中功能性的可变剪接变体

文章标题：Nanopore long-read RNA sequencing reveals functional alternative splicing variants in human vascular smooth muscle cells

发表期刊：Communications Biology

影响因子：6.548

发表时间：2023.10.31

AG代理提供服务：ONT长读长以及Illumina短读长的RNA测序

研究内容：该研究使用Oxford Nanopore Technologies（ONT）的长读长RNA测序技术，对分别用PDGF、TGF处理和hsa-miR-221-3P转染的人类主动脉平滑肌细胞（HASMCs）进行了系统的转录组表征。结果揭示了HASMCs中大量的可变剪接事件和数千个由可变剪接产生的未注释转录本。此外，该研究还验证了来自CISD1基因的未注释转录本CISD1-u，该转录本在HASMCs的表型转换中发挥一定的作用。

(一) Direct RNA测序（DRS）揭示水稻m6A和m5C两种RNA修饰在不同组织中的分布、表达等特征

文章标题：Identifying RNA Modifications by Direct RNA Sequencing Reveals Complexity of Epitranscriptomic Dynamics in Rice

发表期刊：Genomics, Proteomics & Bioinformatics

影响因子：6.409

发表时间：2023.2.11

AG代理提供服务：DRS测序及分析

研究内容：该研究基于Nanopore平台对水稻6个不同组织进行DirectRNA测序（DRS），鉴定到45707个全长转录本，实现了对同一基因不同isoform的定量和差异分析。鉴定了各转录本的m6A和m5C RNA修饰位点，m6A和m5C均表现出组织特异性。被m6A修饰的转录本也倾向于被m5C修饰，RNA修饰与转录本表达以及Poly(A)尾长短都有很强的相关性。m6A和m5C修饰的转录本参与多个核心代谢通路。且大部分m6A和m5C修饰位点分布于先前研究的QTL内，表明这些位点有重要的功能。该研究将为水稻功能基因组和表观转录组研究提供支撑。

文献链接：

//www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1672022923000347

(二) Direct RNA测序（DRS）助力牛脂肪细胞成脂机制

文章标题：New insights into transcriptome variation during cattle adipocyte adipogenesis by direct RNA sequencing

发表期刊：iScience

影响因子：6.107

发表时间：2023.8.28

AG代理提供服务：DRS测序及分析

研究内容：该研究将Direct RNA测序（DRS）技术应用于牛脂肪细胞的两个不同阶段(原代和分化阶段),通过与cDNA的长读长和短读长RNA-seq策略对比，证明了DRS可以避免PCR扩增引起的假阳性转录本检出，具有准确鉴定转录本的优势。该研究进一步系统分析了脂肪形成过程中的转录组变化，检测到891个差异表达基因（DEGs）。62.78%的转录本表达差异不显著，并且248个转录本的表达与基因的变化方向相反。此外，分化脂肪细胞的Poly(A)尾整体变短，且与基因/转录本表达呈弱负相关。本研究揭示了不同种类的mRNA修饰在基因表达和选择性剪接中的潜在作用。

(一) 深海冷泉功能基因的系统发育多样性：宏基因组学的新视角

文章标题：Phylogenetic diversity of functional genes in deep-sea cold seeps: a novel perspective on metagenomics

发表期刊：Microbiome

影响因子：15.5

发表时间：2023.12.15

AG代理提供的服务：ONT宏基因组测序

研究内容：该研究开发了REMIRGE流程，从鸟枪法宏基因组测序读数中重建全长功能基因，并充分探索了冷泉沉积物中关键基因的系统发育多样性。结果表明，参与甲烷、硫和氮循环的功能基因的丰度和多样性在非冷泉点和5个冷泉点存在差异。在海马冷泉的CS位点观察到沉积物在厘米尺度上存在功能类群的分异，表层可能是微生物物种和功能的储库。还发现相关基因的特定基因序列簇之间存在正相关，表明耦合发生在特定功能类群之间。

文献链接：

//microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-023-01723-7

(二) 土霉素纵向迁移消散介导菌群结构及抗性基因丰度的可逆恢复

文章标题：Vertical migration and dissipation of oxytetracycline induces the recoverable shift in microbial community and antibiotic resistance

发表期刊：Science of The Total Environment

影响因子：9.8

发表时间：2023.9.18

AG代理提供服务：ONT宏基因组测序

研究内容：抗生素抗性基因（ARG）通过施肥和灌溉等途径进入农业系统，危害食物和人类的健康。然而由于基质的复杂性和微生物反应的不确定性，ARG传播的主要驱动因素仍不清楚。基于此，作者在模拟自然降雨条件下，利用重力流过式反应器装置及ONT宏基因组等技术研究了土霉素（OTC）输入对土壤微生物和抗生素抗性的影响。

文献链接：

//linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0048969723057893

(一) 气候因素和寄主化学特征共同驱动玉叶金花茎中菌群的聚集

文章标题：Climate factors and host chemical profiles jointly drives the bacterial community assembly in Mussaenda pubescens stems

发表期刊：Environmental Research

影响因子：8.3

发表时间：2023.07.17

AG代理提供服务：微生物多样性分析

研究内容：植物内生细菌会对宿主的生长、健康以及与周围环境的整体关系产生重大影响，但目前对形成茎内生菌（SBEs）群落的过程仍知之甚少。本研究探讨了SBEs在中国东南部七个地区玉叶金花中的群落结构、共生模式和生态过程，发现SBEs的群落结构在不同宿主群体间表现出显著差异。

文献链接：

//www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0013935123014913?via%3Dihub

(一) 构建黏细菌天然产物数据库促进基于NMR的代谢组学的黏细菌生物勘探

文章标题：Constructing a Myxobacterial Natural Product Database ti Facilitate NMR-Based Metabolomics Bioprospecting of Myxobacteria

发表期刊：Analytical Chemistry

影响因子：8.008

发表时间：2023.3.14

AG代理提供服务：Smart细菌完成图测序分析

研究内容：黏细菌可产生丰富的生物活性分子，且结构复杂，开发高效的生物勘探技术至关重要。研究构建了数据库MyxoDB，能概述已知黏细菌天然产物的结构多样性和分类分布，证明了基于NMR的代谢组学能有效地区分黏细菌的生物合成优先级，使MyxoDB极大地简化多种已知化合物的重复，加快新化合物，如聚酮化合物吡喃酮C的靶向发现。

文献链接：

//pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.2c05145?ref=PDF

(一) 真菌基因组和比较基因组学分析揭示青霉菌-Euops象鼻虫共生的分子机制

文章标题：Genome analysis and genomic comparison of a fungal cultivar of the nonsocial weevil Euops chinensis reveals its plant decomposition and protective roles in fungus-farming mutualism

发表期刊：Frontiers in Microbiology

影响因子：6.0644

发表时间：2023.02.16

AG代理提供服务：真菌全基因组测序分析

研究内容：植菌共生指昆虫培植共生真菌，然后共生真菌为昆虫提供营养、保护等的共生现象，其中非社会性昆虫的植菌共生研究很少。非社会性植菌昆虫Euops chinensis Voss与Penicillium herquei真菌进化出了一种植菌共生关系。本研究详细描述了P. herquei的基因组，并将基因组结构、代谢能力、次级代谢产物基因簇和重要的致病特性与另外两个研究充分的青霉物种进行了全面比较，为Euops象鼻虫将多种青霉作为培植真菌提供新见解。

文献链接：

//www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2023.1048910/full