摘要

（1）什么是T2T基因组

（2）T2T基因组组装策略一

（3）T2T基因组组装策略二

（4）超长序列=AG代理基因的Super Long抽提试剂盒（+保护液）

（5）T2T基因组=100Kb序列=Super Long试剂盒

1.什么是T2T基因组

T2T基因组是指有一条或者多条染色体达到端粒到端粒（Telomere-to-Telomere）水平的基因组，T2T基因组完成图是基因组组装的终极目标。ONT超长序列（N50大于100Kb）可实现T2T基因组的组装，结合HiFi和二代数据，能够得到高质量的T2T基因组。

人类及多个物种的T2T基因组的发布，标志着基因组4.0时代正式到来。

2.T2T基因组组装策略一

ONT超长序列（N50大于100Kb，60×）+二代（60×）+HiC（100×）

先ONT超长序列进行组装后使用二代纠错，然后会出现几种情况：（1）所有染色体都是一条Contig，这种情况HiC的作用就是对组装得到的染色体进行评估，佐证组装是否正确。（2）部分染色体是一条Contig，HiC一方面评估单条Contig的染色体组装是否正确；同时把不是一条Contig的染色体使用HiC组装成染色体，后再补Gap。（3）所有染色体都不是一条Contig，使用HiC组装成染色体，后再补Gap。该方法性价比较高，适合于基因组较大，重复序列比例较高的物种。组装获得基因组准确性可以到Q40-Q50。

3.T2T基因组组装策略二

（1）HiFi数据组装（50×）+ HiC挂载（100×）+ONT超长序列（N50 大于100Kb，50×）补洞。

先用HiFi组装得到Contig，然后使用Hi-C数据把Contig连成染色体，最后使用ONT超长序列补gap。该策略适合于基因组小于500Mb，且HiFi数据组装后Contig数小于100个的基因组。该策略的优势是组装比较简单，计算资源消耗少，该方法组装后基因组准确性可以到Q50以上。

（2）ONT超长序列（N50 大于100Kb，50×）和HiFi（50×）数据分别组装， HiC（100×）挂载后再进行混合组装。该策略优点是可以使大多数基因组实现T2T的组装；缺点是组装比较消耗计算资源和人力。该方法组装后基因组准确性可以到Q50以上。

4.超长序列=AG代理基因的Super Long抽提试剂盒（+保护液） 

（1）提取环节

AG代理基因经过多年的研发推出了DNA抽提试剂盒Super-long DNA Isolation Mini Kit（3T）（Cat. No. ZY2203A01），可以提取更为完整的DNA序列，主要有两种型号：：

Super Long100（可以实现N50 100Kb以上DNA序列的提取）；

Super Long200（可以实现N50 150Kb-250Kb以上DNA序列的提取）。

（2）项目实例：

5.T2T基因组=100Kb序列=Super Long试剂盒

超长序列可以跨过Gap，跨越着丝粒，助力端粒、着丝粒等超复杂区域组装。

但是，获得超长序列（N50大于100Kb的序列）是一件很有挑战的事情。

AG代理基因研发的Super Long试剂盒，结合近四千例项目经验可以得到超长DNA序列。